پیوندهای مفید
اخبار و اعلانات
آمار
| تعداد نشریات | 46 |
| تعداد شماره‌ها | 1,225 |
| تعداد مقالات | 10,511 |
| تعداد مشاهده مقاله | 20,602,837 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 14,155,179 |
بررسی ترنسکریپتوم مقایسه‌ای گلرنگ با دانه‌های روغنی به منظور شناسایی ژن‌های دخیل در کمیت و کیفیت روغن دانه | ||
| فصلنامه علمی زیست فناوری گیاهان زراعی | ||
| مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 08 آبان 1404 | ||
| نوع مقاله: علمی پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.30473/cb.2025.71265.1968 | ||
| نویسندگان | ||
| سهیل نهران باد1؛ قاسمعلی گروسی* 1؛ سید مهدی علوی2؛ محمد امین باقری3 | ||
| 1دانشگاه بین المللی امام خمینی | ||
| 2پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست فناوری | ||
| 3گروه بیوتکنولوژی و اصلاح‌نباتات، دانشگاه کشاورزی و منابع طبیعی ساری | ||
| چکیده | ||
| در این مطالعه که برپایه فناوری RNA-Seq و ترنسکریپتومیکس مقایسه‌ای بنا شده، به تجزیه و تحلیل و شناسایی ژن‌های دخیل در رشد و نمو دانه پرداخته شده است. بدین منظور داده‌های ترنسکریپتوم دانه گیاهان روغنی گلرنگ (رقم گلدشت)، کملینا و سویا از پایگاه داده‌های مربوطه استخراج شد. پس از بررسی کیفیت، ویرایش، پاکسازی و سرهم‌بندی مجدد آنها با استفاده از ژنوم مرجع انجام شد. حاشیه‌نویسی ژن‌های درگیر در بیوسنتز اسید چرب دانه توسط شناسایی هومولوگ‌های آرابیدوپسیس و سپس آنالیز بیان افتراقی ژن‌ها (DEG) انجام شد. ژن‌هایی که دارای تفاوت بیان در مراحل نموی دانه بودند شناسایی و بدین ترتیب ژن‌های واجد بیان معنی‌دار و دخیل در مسیرهای متابولیسم و سنتز اسید چرب دانه استخراج شدند. در نهایت ارتباط بین ژن‌ها توسط شبکه پروتئین-پروتئین ترسیم و بر این اساس، ژن‌های FAD2، FATB و ACX4 در مسیر بیوسنتز لیپیدها در مرحله پرشدن و بلوغ موثر شناخته شدند. در مسیر متابولیسم گلیسرولیپید نیز ژن‌های NPC3، PDAT1 و LPAT1 بین مرحله شروع رشد دانه تا پر شدن دارای تفاوت بیان معنی‌داری بودند. نتایج نشان داد که ژن‌های SDP1 و LPAT5 در مرحله بلوغ نسبت به تشکیل دانه افزایش بیان دارند. در مسیر طویل‌سازی اسید چرب، ژن‌های KCS5 و C86A1 ،در مسیر تجزیه اسید چرب ژن AIM1 و در مسیر بیوسنتز اسید چرب ژن FABH دارای افزایش بیان در مراحل پرشدن و بلوغ دانه بیان معنی‌داری را نشان دادند. بر اساس شبکه پروتئین-پروتئین و روابط بین ژن‌ها احتمال می‌رود ژن‌های FAD2، FATB و PDAT1 نقش کلیدی در نمو دانه و بیوسنتز روغن دانه داشته باشند. | ||
| کلیدواژه‌ها | ||
| اسیدهای چرب؛ بیوانفورماتیک؛ ترنسکریپتوم مقایسه‌ای؛ دانه‌های روغنی؛ گلرنگ | ||
| موضوعات | ||
| بیوانفورماتیک | ||
| عنوان مقاله [English] | ||
| Comparative transcriptome analysis of Safflower (Carthamus tinctorius L.) with oilseed crops to identify genes involved in seed oil quantity and quality | ||
| نویسندگان [English] | ||
| soheil nahranbad1؛ Ghasemali Garoosi1؛ Seyed Mehdi Alavi2؛ Mohammad Amin Baghery3 | ||
| 1Imam Khomeini International University | ||
| 2National Institute of Genetic Engineering and Biotechnology | ||
| 3Department of Biotechnology and Plant Breeding, Sari Agricultural Sciences and Natural Resources University | ||
| چکیده [English] | ||
| This study aimed to identify genes involved in seed growth and development using RNA-Seq and comparative transcriptomics. For this purpose, the transcriptome data of oilseed plants safflower, camelina, and soybean were extracted from relevant databases. After checking the quality of the data, they were edited, cleaned, and reassembled using the reference genome. Annotation of genes involved in seed fatty acid biosynthesis by identifying Arabidopsis homologs and then analyzing differentially expressed genes (DEGs) was performed. Genes with differential expression during seed development stages were identified, and in this way genes with significant expression and involved in seed fatty acid metabolism and synthesis pathways were extracted. Finally, the relationship between genes was drawn by protein-protein interaction network, and based on this, FAD2, FATB, and ACX4 genes were found to be effective in the lipid biosynthesis pathway during filling and maturation stages. in the glycerophospholipid metabolism pathway, NPC3, PDAT1, and LPAT1 genes showed significant differential expression during the start of seed growth and seed filling stages. The results showed that SDP1 and LPAT5 genes have an increased expression in the maturation stage compared to seed formation. In the fatty acid elongation pathway, KCS5 and C86A1 genes, in the fatty acid degradation pathway AIM1 gene, and in the fatty acid biosynthesis pathway FABH gene showed significant expression in the seed filling and maturation stages. Based on the protein-protein interaction network and gene relationships, it is likely that FAD2, FATB, and PDAT1 genes play a key role in seed development and oil biosynthesis. | ||
| کلیدواژه‌ها [English] | ||
| bioinformatics, comparative transcriptme, fatty acids, Oilseeds, safflower | ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 10 |
||