پیوندهای مفید
اخبار و اعلانات
آمار
| تعداد نشریات | 47 |
| تعداد شماره‌ها | 1,232 |
| تعداد مقالات | 10,587 |
| تعداد مشاهده مقاله | 21,254,747 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 14,305,680 |
راه‌اندازی خط تولید مارکر اندازه DNAبرای استفاده در الکتروفورز | ||
| فصلنامه علمی زیست فناوری گیاهان زراعی | ||
| دوره 14، شماره 4 - شماره پیاپی 50، شهریور 1404، صفحه 19-27 اصل مقاله (1.29 M) | ||
| نوع مقاله: علمی پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.30473/cb.2025.72897.1991 | ||
| نویسندگان | ||
| امین سهندی خلیفه کندی1؛ مقصود پژوهنده* 2 | ||
| 1گروه بیوتکنولوژی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید مدنی آذربایجان، تبریز، ایران | ||
| 2گروه بیوتکنولوژی کشاورزی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید مدنی آذربایجان، کیلومتر 35 جاده تبریز- آذرشهر، ایران. | ||
| چکیده | ||
| مارکرهای DNA محلول‌هایی از قطعات DNA با طول‌های مختلف هستند. این مارکرها برای بررسی نتایج واکنش‌های زنجیره‌ای پلی‌مراز، واکنش‌های برش آنزیمی، بررسی وکتورهای حاوی قطعه DNA مورد نظر، بررسی تنوع ژنتیکی در مارکرهای مولکولی موجودات مختلف و سایر روش‌های مورد استفاده در ژنتیک مولکولی، بیوتکنولوژی و تشخیص طبی کاربرد دارند. مارکر اندازه DNA یک ابزار ضروری در انجام الکتروفورز بر روی ژل آگارز و پلی آکریل‌آمید می‌باشد که به سبب بالا بودن هزینه تولید، قیمت بالایی دارد. با مقایسه میزان حرکت قطعات شناخته شده مارکر بر روی ژل در الکتروفورز می‌توان اندازه قطعات مجهول حاصل از آزمایش را بر حسب جفت باز تخمین زد. در این پژوهش شیوه‌ای جدید برای تولید یک مارکر اندازه DNA با قابلیت مصرف بالا و هزینه تولید پایین‌تر ارایه گردید. ابتدا جهت دست-یابی به قطعات با اندازه‌های مورد نظر با تفاوت 100 جفت باز از PCR روی یک ژن گیاهی استفاده شد. قطعات مورد نظر بطور جداگانه به‌کمک سایت برشی یک آنزیم در پلاسمید pKS همسانه‌سازی گردید. پلاسمید‌های نوترکیب با انتقال به باکتری تکثیر یافتند. در نهایت از طریق برش آنزیمی با تنها یک آنزیم رایج (BamHI) روی مخلوط پلاسمید‌های استخراج شده از باکتری‌ها، تمام قطعات مورد نیاز برای تولید مارکر اندازه DNA مورد انتظار بدست آمدند. در این پژوهش کاربردی مقدمات و خط تولید یک مارکر DNA راه اندازی شد. مارکر تولیدی با طیفی از قطعات 100 تا 3000 جفت باز می‌تواند قابلیت استفاده وسیعی در تحقیقات مولکولی و تشخیص طبی داشته باشد. با تولید صنعتی آن نیاز بازار کشور از لحاظ تامین این ماده وارداتی با هزینه‌ای بسیار پایین‌تر برطرف می‌شود. | ||
| کلیدواژه‌ها | ||
| الکتروفورز؛ مارکرDNA؛ همسانه سازی؛ PCR | ||
| موضوعات | ||
| ژنتیک مولکولی و مهندسی ژنتیک | ||
| عنوان مقاله [English] | ||
| Setting up the DNA ladder Production line in order to use in electrophoresis | ||
| نویسندگان [English] | ||
| Amin Sahandi Khalifeh-Kandy1؛ Maghsoud Pazhouhandeh2 | ||
| 1Biotechnology Dept. Agriculture Faculty, Azarbaijan Shahid Madani University, Tabriz, IRAN | ||
| 2Biotechnology Department, Agriculture Faculty, Azarbaijan Shahid Madani University, Km 35 Tabriz-Azarshahr Road, Tabriz, Iran. | ||
| چکیده [English] | ||
| DNA markers are the solution of DNA fragments of different lengths. These markers are used to evaluate the results of the polymerase chain reactions (PCR) and the enzymatic digestion reactions, to confirm the vectors containing the desired DNA fragment, to study the genetic variation by molecular markers in different organisms and in other methods used in molecular genetics, biotechnology and in medical diagnostic applications. DNA ladder is an essential tool in agarose or polyacrylamide gel electrophoresis and its price is high due to the high production cost. By comparing the movement of known fragments of a ladder on the electrophoresis gel, the size (base pair) of unknown fragments obtained in a test can be estimated. In this study a new method for producing a high-consumption and low-production-cost DNA size marker was presented. The PCR technique was performed on a plant gene to obtain the desired fragments with different sizes of 100 bp. The interested fragments were cloned separately into pKS plasmid using an enzymatic digestion site at both ends. The recombinant plasmids were amplified in bacteria. Finally, by a simple enzymatic digestion with a common enzyme (BamHI) on plasmids extracted from bacteria, all the necessary fragments were obtained to produce the expected DNA size marker. In this applicable research, the production line of a DNA marker was set up. This produced ladder with a range of 100 to 3000 bp fragments has a wide use in medical research and diagnosis. | ||
| کلیدواژه‌ها [English] | ||
| Cloning, DNA Ladder, Electrophoresis, PCR | ||
| مراجع | ||
|
Abbasian, M., Seyedi, H. A., Boroujeni, Z. K., & Mofid, M. R. (2015). Easy method for production of a home-made DNA ladder in every laboratory. Advanced Biomedical Research, 4:70. doi: 10.4103/2277-9175.153894.
Barvish, Z., Davis, C., & Gitelman, I. (2007). A wide-range, low-cost 150 bp ladder for sizing DNA fragments between 150 and 4500 bp. Electrophoresis, 28(6),:900-2. Doi: 10.1002/elps.200600438.
Borzooeian, Z., Taslim, M.E., Rezvani, S., & Borzooeian, G. (2018). A high precision length-based carbon nanotube ladder. Royal Society of Chemistry (RSC) Advances, 8(63), 36049-36055. doi: 10.1039/c8ra05482g.
Chen, Z., Wu. J., Li, X., Ye, C., & Wenxing, H. (2009). Novel strategies to construct complex synthetic vectors to produce DNA molecular weight standards. Molecular Biotechnology, 42(1), 128-133. doi: 10.1007/s12033-009-9145-0.
Cooney, C.A. (1994). Techniques and high resolution DNA size markers for pulsed field gel electrophoresis. Molecular Biotechnology, 2, 119-27. Doi: 10.1007/BF02824804.
Gopalakrishnan, R., Joseph, S., & Sellappa, S. (2010). Constructing a DNA ladder Range for Lambda Phage by multiplex PCR. Iranian Journal of Microbiology, 2(4):210-2.
Henrici, R. C., Pecen, T. J., Johnston, J. L., & Tan, S. (2017). The pPSU Plasmids for Generating DNA Molecular Weight Markers. Scientific Reports, 7(1), 2438. doi: 10.1038/s41598-017-02693-1.
Lan, V.T., Loan, P.T., Duong, P.A., Thanhle, T., Ha, N.T., & Thuan, T.B. (2012). Straightforward procedure for laboratory production of DNA ladder. Journal of Nucleic Acids, Article ID 254630, doi: 10.1155/2012/254630.
Mostaan, S., Ajorloo, M., Khanahmad, H., Cohan, R.A., Tehrani, Z.R., Rezaei, M., Fazeli, F., Behdani, M., Zare, S.K., Karimi, Z., Mozhgani, S.H., & Moukhah, R. (2015). A novel combined method for cost-benefit production of DNA ladders. Advanced Biomedical Research, 4, 15. doi: 10.4103/2277-9175.148298.
Saidijam, M., Khanahmad Shahreza, H., Rikhtegaran Tehrani, Z., Karimizare, S., Shabab, N., & Behdani, M. (2011). Designing and constructing an 100 bp DNA Ladder by combining PCR and enzyme digestion methods. Tehran University Medical Journal, 69(2), 75-82.
Sekhavati, M., Tadayon, K., Ghaderi, R., Banihashemi, R., Jabbari, A.R., Shokri, G., & Karimnasab, N. (2015). "In-house" production of DNA size marker from a vaccinal Bacillus anthracis strain. Iranian Journal of Microbiology, 7(1), 45-9.
Wang, T.Y., Guo, L., & Zhang, J.H. (2010). Preparation of DNA ladder based on multiplex PCR technique. Journal of Nucleic Acids, Article ID 421803, doi: 10.4061/2010/421803.
Wang, T.Y., Wang, L., & Wang, F. (2011). Methodology: simplified preparation of a DNA ladder using PCR. Genetics and Molecular Research, 10(3):1631-5. doi: 10.4238/vol10-3gmr1177.
Ye, C.H., Gu, J., Chen, S., Deng, A., Zhong, Y., & Li, D. (2012). Unit cloning and amplification as novel and universal strategies for complex vector construction and small DNA fragment preparation. Electrophoresis, 31, 2929-2935. doi: 10.1002/elps.201000222.
Zhang, J.H., Yang, R., Wang, T.Y., Dong, W.H., Wang, F., & Wang, L. (2012). A simple and practical method that prepares high molecular weight DNA ladders. Molecular Medicine Reports, 6, 1211-1213. doi: 10.3892/mmr.2012.1061.
| ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 68 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 65 |
||