پیوندهای مفید
اخبار و اعلانات
آمار
| تعداد نشریات | 49 |
| تعداد شماره‌ها | 1,331 |
| تعداد مقالات | 11,478 |
| تعداد مشاهده مقاله | 24,838,118 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 16,614,463 |
شناسایی ژن‌های دارای رویدادهای پیرایش متناوب و بیان افتراقی در گیاهچه‌های ذرت تحت تنش خشکی و بازآبرسانی با استفاده از داده‌های RNA-Seq | ||
| فصلنامه علمی زیست فناوری گیاهان زراعی | ||
| مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 25 مهر 1405 | ||
| نوع مقاله: علمی پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.30473/cb.2026.78708.2047 | ||
| نویسنده | ||
| هنگامه طاهری* | ||
| دانشیار، گروه مهندسی تولید و ژنتیک گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی خوزستان. ملاثانی. ایران. | ||
| چکیده | ||
| پیرایش متناوب (Alternative splicing; AS)، یک سازوکار تنظیمی پسارونویسی است که از طریق افزایش تنوع رونوشت‌ها و پروتئوم نقش مهمی در تنظیم پاسخ به تنش‌های گیاهی ایفاء می‌کند. در این مطالعه اثرات تنش خشکی سه و شش روزه و بازآبرسانی بر پیرایش متناوب و بیان ژن در سطح رونویسی در گیاهچه‌های ذرت مورد بررسی قرار گرفت. واکاوی داده‌های ترانسکریپتومی با استفاده از ابزار بیوانفورماتیکی CLC Genomics Workbench و اسکریپت‌های پایتون، رونوشت‌هایی که رویدادهای پیرایشی متناوب در تیمارهای فوق‌الذکر را نشان دادند، شناسایی کرد. در این رویدادهای شناسایی شده، الگوهای پیرایشی متناوب از نوع A5′SS و A3′SS به‌ندرت مشاهده شد. حال آنکه سایر الگوهای پیرایشی بهعنوان فراوان‌ترین رویدادها معرفی شدند. غنی‌سازی عملکردی ژن‌های مرتبط با پیرایش متناوب با استفاده از پایگاه‌های داده STRING و KEGG، نقش محوری آن‌ها را در فرایندهای سلولی، تنظیم متابولیکی به‌ویژه متابولیسم ترکیبات حاوی سلنیوم و تجزیه اسیدهای آمینه شاخه‌دار تأیید کرد. واکاوی عملکردی ژن‌هایی که علاوه بر رویدادهای پیرایش متناوب، بیان افتراقی نیز داشتند (DE-ASGs)، نقش آن‌ها را در بیوسنتز لیگنین، انتقال و متابولیسم لیپیدها، پاسخ‌های دفاعی گیاه، رشد و نمو و پیام‌رسانی هورمونی نشان داد. علاوه بر این، برهم‌کنش‌های پیش‌بینی‌شده miRNA-mRNAها با استفاده از سرور تحت وب psRNATarget، ریزRNAهای zma-miR166j-5p، zma-miR399f-5p ، zma-miR2275a-3p و zma-miR2275d-3p را به عنوان تنظیم‌کننده‌های کاندید رونوشت‌هایی با پیرایش متناوب نشان داد. این یافته‌ها اهمیت پیرایش متناوب را به عنوان رویکردی برای افزایش انعطاف‌پذیری رونویسی و برنامه‌ریزی مجدد مسیرهای مولکولی گیاه و در نتیجه افزایش مقاومت به تنش خشکی نشان می‌دهد. | ||
| کلیدواژه‌ها | ||
| پیرایش متناوب؛ تنش خشکی؛ داده‌های رونویسی؛ ذرت؛ ریزRNA | ||
| موضوعات | ||
| بیوتکنولوژی و تنش های زنده و غیرزنده | ||
| عنوان مقاله [English] | ||
| Identification of genes with alternative splicing events and differential expression in maize seedlings under drought stress and water recovery treatments using RNA-Seq data | ||
| نویسندگان [English] | ||
| Hengameh Taheri | ||
| Associate Professor, , Department of Plant Production and Genetics, Faculty of Agriculture, Agricultural Sciences and Natural Resources University of Khuzestan, Mollasani, Iran | ||
| چکیده [English] | ||
| Alternative splicing (AS) is a post-transcriptional regulatory mechanism that plays an important role in regulating plant stress responses by increasing transcript and proteome diversity. In this study, the effects of 3-day drought, 6-day drought, and 1-day water recovery treatments on alternative splicing and gene expression at the transcriptional level in maize seedlings were investigated. Transcriptomic data analysis using the bioinformatics tool CLC Genomics Workbench and Python scripts identified transcripts exhibiting alternative splicing events in the aforementioned treatments. Among the identified events, alternative splicing patterns involving A5′SS (Alternative 5′splice site) and A3′SS (Alternative 3′splice site) positions were rarely observed, whereas other splicing patterns were the most frequently detected events. Functional enrichment of alternative splicing-related genes using STRING and KEGG databases confirmed their pivotal role in cellular processes, metabolic regulation, especially the metabolism of selenium-containing compounds and the degradation of branched-chain amino acids. Functional analysis of differentially expressed alternatively spliced genes (DE-ASGs) revealed their roles in lignin biosynthesis, lipid transport and metabolism, plant defense responses, growth and development, and hormonal signaling, which could be considered as major targets in breeding programs. In addition, predicted miRNA-mRNA interactions using the psRNATarget web server revealed the microRNAs zma-miR166j-5p, zma-miR399f-5p, zma-miR2275a-3p, and zma-miR2275d-3p as candidate regulators of alternatively spliced transcripts. These findings highlight the importance of alternative splicing as an approach to enhance transcriptional flexibility and reprogram plant molecular pathways and thereby increasing drought stress resistance. | ||
| کلیدواژه‌ها [English] | ||
| Alternate splicing, Drought stress, Maize, MicroRNA, Transcriptional data | ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 1 |
||