پیوندهای مفید
اخبار و اعلانات
آمار
| تعداد نشریات | 45 |
| تعداد شماره‌ها | 1,219 |
| تعداد مقالات | 10,474 |
| تعداد مشاهده مقاله | 20,225,260 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 13,916,244 |
پیشگوئی تغییرات کنفورماسیونی پروتئین HBsAg در بیماران ایرانی مبتلا به عفونت نهفته هپاتیت B به کمک ابزارهای بیوانفورماتیکی | ||
| فصلنامه علمی زیست شناسی جانوری تجربی | ||
| مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 10 آذر 1392 | ||
| نویسنده | ||
| صفیه صوفیان* | ||
| هیئت علمی | ||
| چکیده | ||
| عفونت نهفته بیماری هپاتیت B به عنوان عفونت با DNA HBV قابل شناسایی و آنتی ژن سطحی HbsAg غیر قابل شناسایی در خون بیماران است. عقیده بر این است که شناسایی ویروس هپاتیت B به وسیله میزبان در منطقه a از آنتی ژن سطحی (HBSAg) انجام می شود. اما به دلیل فقدان ساختار سه بعدی HBsAg ، مدرکی برای این فرضیه وجود ندارد. پیشگوئی ساختار سه بعدی توالی موتان یافته و وحشی از توالی اولیه ، تغییرات ساختاری را آشکار می کند. این مطالعه به منظوربررسی تغییرات ساختاری HBsAg در حالت نهفته و وحشی در نمونه های ایرانی است. توالی HBsAg در بیماران ایرانی مبتلا به عفونت نهفته وبارز از بانک ژن استخراج شد. پیشگوئی ساختار 3 بعدی با استفاده از مدلسازی از نو و متد L-TASSER انجام شد. سپس با استفاده از SPDBV مشاهده شد. ممان دوقطبی توسط نرم افزار CHIMERA انجام شد. هر دو توالی وحشی و موتان برای پیشگوئی مناطق آنتی ژنیک در نرم افزار CLC Main Workbenech بررسی شد. نتایج نشان داد که موتان در حالت نهفته باعث تغییر درخواص ساختاری آن می شود. این تغییر در شاخص آنتی ژنیک و ممان دوقطبی ساختار سه بعدی پیشگوئی شده نشان داده شده است. یافته های این مطالعه تاکید می کند که علاوه بر موتاسیون در منطقه a ، موتاسیونهای دیگری هم می توانند باعث تغییر ساختاری HBsAg شوند. پس درشناسایی و طراحی واکسن باید به ساختار سه بعدی HBsAg توجه کرد. | ||
| کلیدواژه‌ها | ||
| آنتی ژن سطحی؛ پیشگوئی ساختار سه بعدی؛ عفونت نهفته؛ هپاتیت B | ||
| عنوان مقاله [English] | ||
| Prediction of HBsAg Conformational Changes in Iranian patients with occult hepatitis B infection with bioinformatics tools | ||
| نویسندگان [English] | ||
| Safieh Soufian | ||
| چکیده [English] | ||
| Occult hepatitis B infection (OHB) is defined as infection with detectable HBV DNA and undetectable surface antigen (HBsAg) in patients' blood. It is believed that detection of hepatitis B virus by host in “a” region of surface antigen (HBsAg) is performed. However, there have never been successful attempts to provide evidence for this hypothesis, partly because the 3D structure of HBsAg molecule has not been determined. Tertiary structure prediction of HBsAg solely from its primary amino acid sequence may reveal the structural changes of the mutant proteins. We carried out this study to analyze the predicted HBsAg conformation changes of OBH variant and wild isolated from Iranian patient blood. We extracted HBsAg sequences (OBH and wilde) of Iranian from Gen Bank. Tertiary structures of the wild & occult HBsAg were predicted using “ab initio” modeling and I-TASSER method. Then visualized using deep View/Siwss-pdb Viewer. Dipole moments of 3D structures were determined by chimera software. Wild & occult HBsAg sequences were analyzed in CLC Main Workbench to prediction antigenic index of each sequence. Our results showed the single amino acid substitutions in OBH, may alter structural properties of variant HBsAg, which can be shown by both its antigenic index and dipole moment of predicted 3D conformation. This survey suggested that the moreover “a" region mutations, other mutations can be change structure of HBsAg. It suggested to detection and vaccine design should be pay attention to three-dimensional structure of HbsAg. | ||
| کلیدواژه‌ها [English] | ||
| surface antigen, Tertiary structure prediction, Occult t infection, hepatitis B | ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 2,173 |
||