پیوندهای مفید
اخبار و اعلانات
آمار
| تعداد نشریات | 41 |
| تعداد شماره‌ها | 1,164 |
| تعداد مقالات | 10,043 |
| تعداد مشاهده مقاله | 18,777,516 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 13,033,390 |
QSAR and Molecular Docking of Echinopsine Derivatives Containing Acylhydrazone Moiety Against Tobacco Mosaic Virus | ||
| Iranian Journal of Analytical Chemistry | ||
| دوره 11، شماره 1، خرداد 2024، صفحه 21-29 اصل مقاله (469.74 K) | ||
| نوع مقاله: Full research article | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.30473/ijac.2024.71494.1298 | ||
| نویسندگان | ||
| Nosrat Madadi Mahani* ؛ Maryam Bagherizadeh | ||
| Department of Chemistry, Payame Noor University, 19395-4697, Tehran, Iran | ||
| چکیده | ||
| Tobacco mosaic virus causes great economic damage to tobacco, pepper, cucumber and ornamental flowers all over the world. In the current work, the relationship between the structure and activity of novel series echinopsin derivatives containing acylhydrazone fragments as antiviral activity against tobacco mosaic virus (TMV) was studied using quantitative structure-activity relationship (QSAR) calculations and molecular docking analysis. Molecular docking analysis of echinopsin derivatives with tobacco mosaic virus (2OM3) protein was done using AutoDock software and descriptors such as binding energy, electroestatic energy and hydrogen bond energy were calculated. The negative values of the binding energy illustrated that the binding nature of these derivatives, as the ligand with the 2OM3 protein is strong. For QSAR model first, the dataset was divided into two groups of training and test sets. Then, descriptors were calculated using quantum mechanics, molecular docking and molecular descriptors. Then, modeling was done by multiple linear regression (MLR) method. It was found that of the lowest unoccupied molecular orbital (LUMO) and Gibbs free energy changes play a role in the model. Also, the descriptors of the total energy of van der Waals interactions, hydrogen bond and energy of vdW + H-bond + desolvation of the molecular docking descriptors have an effect in the regression model. This study can play an important role to design anti –TMV inhibitors. | ||
| کلیدواژه‌ها | ||
| Antiviral activity؛ Multiple linear regression؛ Lowest unoccupied molecular orbital (LUMO)؛ Gibbs free energy؛ 2OM3 protein | ||
| عنوان مقاله [English] | ||
| مطالعه رابطه کمی فعالیت -ساختار و اتصال مولکولی مشتقات اکینوپسین حاوی اسیل هیدرازون بر علیه ویروس موزاییک تنباکو | ||
| نویسندگان [English] | ||
| نصرت مدی ماهانی؛ مریم باقری زاده | ||
| بخش شیمی، دانشگاه پیام نور، تهران، ایران | ||
| چکیده [English] | ||
| ویروس موزاییک تنباکو، زیان اقتصادی زیادی به تنباکو، فلفل، خیار و گل‌های زینتی در سراسر جهان وارد می‌نماید. در این مطالعه، یک سری از مشتقات جدید اکینوپسین حاوی اسیل هیدرازون با فعالیت انتی ویروسی بر علیه ویروس موزاییک تنباکو (TMV) با استفاده از محاسبات رابطه فعالیت کمیت-ساختار و اتصال مولکولی مورد بررسی قرارگرفت. آنالیز اتصال مولکولی مشتقات اکینوپسین با پروتئین ویروس موزائیک توتون (2OM3)با استفاده از نرم افزار اتوداک انجام شد و توصیفکننده هایی مانند انرژی اتصال، انرژی الکترواستاتیک و انرژی پیوند هیدروژنی محاسبه گردید. مقادیر منفی انرژی اتصال نشان داد که ماهیت اتصال این مشتقات، به عنوان لیگاند با پروتئین 2OM3قوی است. برای مدل QSAR، ابتدا مجموعه داده به دو گروه آموزش و مجموعه تست تقسیم شد. سپس توصیفگرها با استفاده از مکانیک کوانتومی، اتصال مولکولی و توصیفگرهای مولکولی محاسبه شدند. سپس مدلسازی به روش رگرسیون خطی چندگانه (MLR) انجام شد. مشخص شد که انرژی کمترین اوربیتال مولکولی اشغال نشده (LUMO) و تغییرات انرژی آزاد گیبس در مدل نقش دارند. همچنین توصیفگرهای داکینگ مولکولی مانند توصیفگرهای انرژی کل برهمکنش‌های واندروالس، پیوند هیدروژنی و انرژی مجموع واندوالس، هیدروژنی و حل‌شوندگی در مدل رگرسیونی تأثیر دارند. این مطالعه می‌تواند نقش مهمی در طراحی مهارکننده‌های ضد ویروس TMV داشته باشد. | ||
| کلیدواژه‌ها [English] | ||
| فعالیت ضدویروسی, رگرسیون چند متغیره خطی, انرژی آزاد گیبس, انرژی پایین ترین اوربیتال مولکولی اشغال نشده, پروتئین2OM3 | ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 365 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 163 |
||